盱眙縣地處北緯32°43′～33°13′、東經118°11′～118°54′。縣界總長373.972千米，縣域面積2497.3平方千米，人均面積列江蘇省各縣（市、區）之首。境內地勢西南高，多丘陵低山；東北低，多平原；呈階梯狀傾斜，高低相差223米。位于河橋鎮仇集獅子峰，黃海高程系231米，為盱眙境內地貌最高點；位于馬壩鎮觀音寺衡西圩，黃海高程系8米，為盱眙境內地貌最低點。淮河流經境內，北部瀕臨洪澤湖。境內有低山、丘崗、平原、河湖圩區等多種地貌。修建于穆店鄉境內的龍王山水庫是全縣最大的水庫。